Pareiškėjas ar jo atstovas turi teisę Apeliaciniam skyriui paduoti apeliaciją, jeigu iki patento išdavimo kyla ginčas tarp pareiškėjo ir eksperto dėl patento paraiškos padavimo ir prioriteto datos nustatymo, ekspertizės išvadų ir atsisakymo išduoti patentą. Apeliacija turi būti paduota per 3 mėnesius nuo šio sprendimo išsiuntimo dienos.
Apeliacija gali būti paduota elektronine arba popierine forma. Už apeliacijos padavimą turi būti sumokėtas mokestis. Apeliacijoje turi būti nurodyti motyvai ir įrodymai, kodėl pareiškėjas nesutinka su eksperto sprendimu. Apeliacijų nagrinėjimo tvarką nustato Apeliacijų ir protestų nagrinėjimo taisyklės.
Apeliaciją patenkinus, pareiškėjas turi atlikti tolimesnius veiksmus, kuriuos numato atlikti teisės aktai.
Apeliaciją atmetus, pareiškėjas turi teisę paduoti ieškinį Vilniaus apygardos teismui dėl priimto VPB Apeliacinio skyriaus sprendimo pakeitimo.